环境科学与工程学科的发展可追朔到70年代，在张书农先生的倡议下，水利部于1978年批准成立了环境水利科学研究所，借助学校在水利方面强大的优势，环境学科得到了迅速的发展。1989年取得国家环保局颁发的甲级环评证书，2000年又取得国家环保局新认定的甲级环评证书，评价范围涉及水、气、声、固体废弃物、生态等多方面。环境工程学科于1986年开始招收本科生，1993年获得环境工程硕士学位授予权，1998年获得环境工程博士学位授予权，2000年获得环境科学硕士学位授予权，2000年获得环境科学与工程博士后流动站，2001年环境工程学科被批准为江苏省重点建设学科，2003年获得环境科学与工程一级学科博士学位授予权。
环境科学与工程一级学科现有教师70余人，其中教授17人，副教授24人，讲师31人，具有博士学位54人，在读博士生8人，10余人具有国外学术背景。