我院2004年承接科研项目有国家重大基础研究"973"项目"湖泊营养化过程与蓝藻华暴机理研究"--入湖小流域生态系统特征及水网区生源要素输移过程研究、国家高薪技术研究"863"项目"镇江水环境质量改善与生态修复技术研究及示范"、国家自然科学基金重点和面上项目以及省部级重大科技攻关和规划项目等纵向项目40余项，直接服务与国家经济建设的科研任务等横向项目30余项。总经费2000万元。发表三大检索论文10余篇，中信所检索论文70余篇，CSSCI论文为6篇，出版专著6部，发表科技论文93篇。我校由王超教授作为主要完成人的项目“水功能区划与水资源保护理论技术及应用”获国家科技进步二等奖，“城市水生态系统建设模式及生态修复技术研究”、“水域纳污能力及限制污染物排放总量计算方法与应用”分别获江苏省科技进步一等奖。