环境学院已有40多年的办学历史，前身可追溯到1978年经水利部批准设立的环境水利科学研究所。1986年招收环境工程专业本科生，1988年成立环境工程系，1994年成立环境科学及工程学院，1995年与水资源水文系合并成立水文水资源及环境学院，2002年独立设置环境科学与工程学院，2009年更名为环境学院。学院设有环境工程系、环境科学系、环境生态工程系、市政工程系、化学中心、实验中心、水资源保护与生态修复研究所、现代水处理技术研究所、水环境模拟与生态水力学研究所、环境规划与评价研究所、固体废弃物处理及资源化循环利用研究所、环境化学研究所、水污染控制研究所、污水资源化与低碳发展技术研究所、环境微生物研究所、环境水利科学研究所等机构。浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室和教育部“流域水环境综合治理与生态修复”学科创新引智基地挂靠我院建设与管理。2018年，河海大学环境新材料研究中心、河海大学农田污染防控研究中心成立并挂靠学院建设管理。2019年，江苏省城乡饮用水安全保障工程研究中心成立并挂靠学院建设管理；2020年，江苏省农业农村污染防控与治理工程技术研究中心成立并挂靠学院建设管理。

学院环境科学与工程学科是首批国家“双一流”建设学科，在第五轮学科评估中评估为A，并入选江苏高校优势学科建设项目。 环境工程为国家重点（培育）学科和江苏省重点学科。2019年，学院环境工程和给排水科学与工程两个本科专业入选首批“双一流专业”计划国家级一流本科专业点。2020年，环境科学专业入选国家一流本科专业建设点。2022年，环境科学与工程学科再次入选国家“双一流”建设学科。学院现有5个本科专业、4个硕士学位授予权、1个一级学科博士学位授予权、4个二级学科博士学位授予权，设有环境科学与工程一级学科博士后流动站。目前，在校本科生1100余名，博士、硕士研究生700余名，外国留学生100余名。

学院现有教职工113名，其中：中国工程院院士1名。学院现有教授（含研究员）42名，副教授（含副研究员）29名。学院拥有博士生导师41名、硕士生导师37名，专任教师中具有博士学位比例100%，形成了良好的可持续发展学术研究团队。

近五年来，学院深入开展学科建设、教育教学改革和科学研究，形成以流域环境演变与生态安全、河湖综合治理与修复、农业农村污染防控与治理、环境新材料、环境微生物、土壤污染治理为特色的科学研究、人才培养和观测实验基地。学院先后承担了国家973、863、国家自然科学基金重点项目、国家重大水专项和省部级直接服务于国家经济建设的重大科研任务等200余项。部分研究成果处于国际先进和国内领先水平，获得包括国家科技进步一等奖、国家自然科学二等奖、国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、大禹水利科学技术发明特等奖等国家级、省部级以上科技奖励40余项，出版专著与教材30余部。学院年均科研经费4000余万元，发表高水平科研论文200余篇，授权国家发明专利80余项。目前，环境学院正以良好的态势迅猛发展，在国内外具有鲜明的学科优势和广泛影响力。